Οργανόγραμμα

Τα βασικά στοιχεία που συνθέτουν τον οργανισμό είναι το επιτελείο της ΥΥ, τα πλωτά της μέσα, τα υδρογραφικά, τοπογραφικά και ωκεανογραφικά συνεργεία, το τυπογραφείο, τα καταστήματα στην Αθήνα και τον Πειραιά, το εθνικό δίκτυο Σταθμηγράφων και οι αποθήκες. Ο θάλαμος NAVTEX, η αρχειοθήκη της υπηρεσίας και η βιβλιοθήκη της συμπεριλαμβάνονται στις κεντρικές εγκαταστάσεις του επιτελείου της.

Η ΥΥ είναι σήμερα οργανωμένη σε 4 Διευθύνσεις και ανεξάρτητα Γραφεία.
Της υπηρεσίας προΐσταται ο Διοικητής, ενώ το επιτελείο αποτελείται από τον Υποδιοικητή, τις Διευθύνσεις Ασφάλειας Ναυσιπλοΐας, Διοικητικής, Τεχνικής, Οικονομικής Μέριμνας και Μηχανογραφικής Υποστήριξης, Συλλογής Δεδομένων και Υποστήριξης Επιχειρήσεων και Παραγωγής και Ποιοτικού Ελέγχου Ναυτικών Χαρτών και Ναυτιλιακών Εκδόσεων